De ISF heeft haar wortels in het midden van de jaren zestig. Toen ontstonden steeds vaker internationale sportcontacten tussen twee of meerdere scholen. Zo werd in 1963, mede georganiseerd en geïnitieerd door Jan Kloen, een internationaal handbaltoernooi gehouden. In 1969, 1970 en 1971 volgden respectievelijk het eerste volleybaltoernooi, het eerste voetbal- en het eerste basketbaltoernooi. Elk toernooi had zijn eigen organisatie en zijn eigen regels.

Al spoedig bleek dat, om deel te mogen nemen aan deze internationale toernooien, op landelijk niveau kwalificatiewedstrijden en/of voorronden werden gehouden met eigen regels en dat die niet aansloten bij de regels van de internationale wedstrijden. De wens ontstond om de uitwisselingen te coördineren en tot afstemming te komen op het gebied van reglementen en regels. In 1971 werd door het Oostenrijkse Ministerie van Onderwijs en Kunst een congres georganiseerd waar de voorwaarden werden besproken om te komen tot een Europese Schoolsport Federatie. 21 landen waren aanwezig en kozen een commissie die met voorstellen moest komen. Op 4 juni 1972 werden in Beaufort (Luxemburg) de eerste statuten aangenomen en werd het eerst Executive Committee gekozen. Dertien landen zetten bij deze oprichtingsvergadering hun handtekening om de ISF te laten starten.

Hierna werd de ISF door talrijke internationale overheden en organisaties erkend en gewaardeerd om haar werk en haar doelstellingen. De ISF is onder meer lid van het IOC, de AGFIS en de UNESCO. De ISF is momenteel op vijf continenten vertegenwoordigd.

Naast het organiseren van toernooien werd ook veel aandacht besteed aan thema’s die te maken hebben met sport op school en de pedagogische context waarbinnen sport op school plaatsvindt. De missie van de ISF is: ‘Het organiseren van internationale ontmoetingen in verschillende sportdisciplines met de bedoeling door onderlinge contacten de wederzijdse verhouding te bevorderen tussen leerlingen van het voorgezet onderwijs uit de gehele wereld.’

Inmiddels zijn 122 landen en/of organisaties lid van de ISF. Ook Nederland is via de KVLO-Team Schoolsport lid van de ISF. De KVLO is daarmee intermediair tussen deelnemende scholen en de ISF-organisatie. De KVLO dient een deelnemende school officieel te nomineren. Inschrijving voor een ISF-WK kan derhalve enkel en alleen via de KVLO.

Diverse Nederlandse scholen hebben in de loop der jaren deelgenomen aan de ISF World School Championship.